Définitions
Les bactéries sont classées à partir des données du génome
(GC%, séquençage partiel ou total) en grandes familles, en genres et espèces.
Un genre peut comporter plusieurs espèces génétiquement proches. Exemples : la
famille des Vibrionacae, le genre Vibrio, l’espèce Vibrio cholerae
; la famille des Enterobacteriacae, le genre Klebsiella , les
espèces Klebsiella pneumoniae, Klebsiella ozenae, Klebsiella oxytoca, et
Klebsiella rhinoscleromatis. On utilise en pratique pour désigner les
bactéries uniquement les noms de genre et d’espèce. Les noms de bactéries
s’écrivent en italiques. En l’absence d’identification précise d’une espèce (ce
qui peut arriver sans affecter les décisions thérapeutiques), on utilise la nomenclature
sp (espèce non précisée): exemple Klebsiella sp. Chaque espèce
est constituée d’une population d’individus appelés souches ou isolats bactériens.
Ces souches présentent des variations phénotypiques (sensibilité aux
antibiotiques, tests biochimiques…) et sont définies par un profil génétique de
restriction qui leur est propre. Certaines espèces bactériennes sont
oligoclonales, c’est-à-dire qu’elles ne comprennent que très peu de souches,
d’autres sont très hétérogènes comprenant beaucoup de souches (hétéroclonales).
L’isolement d’une même souche chez plusieurs patients définit une épidémie.
Diagnostic bactériologique
La stratégie diagnostic est d’isoler et d’identifier le germe
responsable d’une infection à partir des produits pathologiques, et
éventuellement de mettre en évidence une réponse immune spécifique du germe
suspecté.
Le diagnostic direct :
On cherche d’abord à détecter la bactérie ou ses constituants
(protéines, polyosides, acides nucléiques). Il faut ensuite isoler en culture
et identifier le genre et l’espèce auxquels appartiennent la bactérie. La
souche isolée pourra être caractérisée par des marqueurs épidémiologiques pour éventuellement
la comparer à des souches de même espèce isolées chez d’autres patients, dans
le but de reconnaître une épidémie.
Le diagnostic indirect :
Le diagnostic direct peut être complété en détectant la réponse
immunitaire spécifique de la bactérie suspectée (anticorps), ce qui donne un
argument en faveur du rôle étiologique d’une bactérie, sans toutefois preuve
absolue.
Prélèvements
Les prélèvements des produits pathologiques sont guidés par la
symptomatologie et l’examen clinique et doivent être effectués :
(1)
le plus tôt possible, avant l'antibiothérapie
(2)
à la porte d'entrée cutanéo-muqueuse toujours recherchée, dans le sang au cours
de la dissémination (bactériémie) et éventuellement dans les organes cibles
(LCR, abcès profonds par ponction, épanchements...).
(3)
de façon stérile et rapidement acheminés au laboratoire
Il existe des prélèvements mono-microbiens, provenant de sites
normalement stériles (sang, urine, LCR, tissus...), et pour cela d’interprétation
assez facile. A l’opposé, il existe des prélèvements polymicrobiens provenant
du revêtement cutanéo-muqueux associé à une flore commensale (gorge, selles,
vagin, peau). Le diagnostic est plus difficile, car il faut repérer une
bactérie pathogène au milieu de bactéries commensales souvent très abondantes.
Diagnostic bactériologique direct L'examen microscopique
L'examen microscopique reste un acte fondamental du diagnostic bactériologique.
Il comporte:
(1)
un examen en lumière blanche à l’état frais et après coloration : coloration de
Gram (pour la plupart des bactéries médicales), coloration de Ziehl- Neelsen
(pour les mycobactéries), coloration à l’argent (pour les bactéries très fines
: tréponèmes, spirochètes…) ;
(2)
examen en fluorescence (mycobac-téries…)
(3)
examen en contraste de phase et au fond noir (pour les bactéries très fines)
L’examen microscopique des produits pathologiques précise :
(1)
l’abondance et la diversité de la flore bactérienne (monomorphe, polymorphe)
(2)
la forme des bactéries (coques, bacilles, spiralés…), leur taille (1-10 μ),
l’association des bactéries entre elles (diplocoques, amas, chaînettes…), leur
caractère Gram + ou Gram - (ou mycobactéries, spirochètes…) et leur position
intra ou extracellulaire
(3)
l’intensité de la réaction inflammatoire (polynucléaires neutrophiles,
hématies, monocytes, lymphocytes).
L’examen microscopique est un examen capital, rapide, très informatif, conditionné par la qualité du prélèvement.
Méningite à Haemophilus influenzae
Bactéries spiralées (Borellia recurrentis) dans le sang.
Détection des antigènes solubles dans les produits pathologiques
Dans certains cas particuliers, on peut être amené à rechercher des
antigènes bactériens directement dans les produits pathologiques. Les méthodes
de détection rapide des antigènes utilisent des anticorps monoclonaux (mAb),
lors de tests dit au latex, ELISA, ou par immunofluorescence. Par exemple au
cours des méningites, on peut détecter en quelques minutes des antigènes de pneumocoques,
méningocoques et hémophiles, ou dans les prélèvements génito-urinaires des
antigènes de Chlamydia et mycoplasmes. Ces tests restent peu sensibles et
requiert un nombre élevé de bactéries (> 105-6 / mL).